Žubejevo se deli na vas Žubejevo in danes opusteli zaselek Dolina, ki leži v dolini med Žubejevim in Znojilami. Nad vasjo se vzpenja Žubejev grič, ki že od daleč vzbuja pozornost s svojim nenavadno zravnanim temenom. Na njem naj bi v pozni bronasti in železni dobi, pred več kot 3000 leti, stala prazgodovinska naselbina »z naselbinskimi terasami na jugozahodnem pobočju ter obrambnim nasipom na vzhodni in severovzhodni strani.« Današnje Žubejevo je dosti mlajše naselje. V urbarju gospostva Svibno iz ok. 1420 se omenjata »Jure von Gutenmorgen« in »Marko von Dolyn«, ki imata vsak po eno hubo. Leta 1439 se Žubejevo omenja kot »Dobra Jutra zu S. Thomas« in leta 1477 kot »Dobrenjutre«. Dolina se omenja še leta 1477 kot »Dolin«. V moderni dobi je bila Dolina vedno pridružena Žubejevemu.
 

Na franciscejski katastrski mapi (1826) Žubejevo kaže precej podobno naselbinsko razporeditev  kot danes. Polja so se do sedaj večinoma spremenila v pašnike.

Na celotnem selskem območju Žubejevo kaže največji upad števila prebivalcev v zadnjih 150 letih. Leta 1869 je tu v 7 hišah prebivalo 56 prebivalcev, danes (2018) pa jih na 6 hišnih številkah prebiva še 21. Pri tem je potrebno upoštevati, da je bil v zadnjih letih opuščen zaselek Dolina. 
Žubejevo je znano po tem, da je tam v noči od 29. na 30. april 1564 prenočil nadvojvoda Karel II. Notranjeavstrijski (1540-1590), ki je sem prišel iz Kamniške Bistrice, kjer se je udeležil lova, preko Gozda. Po teh krajih ga je vodil Lenart Spruk z Gozda. Kmetija na kateri je prenočil od tedaj nosi ime »Pri cesarju« ali »Cesarija«. Dotlej ustno izročilo o nadvojvodovem obisku, je leta 1845 v Kmetijskih in rokodelskih novicah objavil duhovnik, pesnik, pisatelj in zbiratelj ljudskega izročila, ki je deloval na Selih, Matevž Ravnikar - Poženčan. Leta 1967 je zgodbo ponovno objavil tudi Ivan Zika (1908-1976) v Kamniškem občanu.

Ravnikarjeva objava od nadvojvodovem obisku v Kmetijskih in rokodelskih novicah iz leta 1845. (Vir: www.dlib.si)

Nadvojvoda Karel II. Notranjeavstrijski. Portret iz okrog leta 1569 je delo neznanega slikarja (Vir: Wikipedia)